پس از هجرت رسول خدا به مدینه اولین اقدام ایشان بنای مسجد بود و پس از آن بود که تجمعات مسلمانان در این مکان عبادی انجام می شد. مسجد هم محل نماز بود هم محل آموزش هم قضاوت هم بیعت و هر گونه فعالیت سیاسی و اجتماعی و حتی نظامی در مسجد صورت می گرفت. پس رسول خدا نیز حتی خلفای راشدین برای بیعت گرفتن از مردم مسجد را انتخاب کردند امیر المومنین نیز مسجد را پایگاه اجتماعی و سیاسی خود قرار داد و دکه القضای خود را انجا بنا نهاد و در اخر در محراب عبادت ترور و شهید شد.

به لحاظ ماهیت سیاسی اسلام مساجد به تبع این چنین هستند به گونه ای که مسجد الحرام بعنوان مقدسترین مسجد مسلمین هر ساله مرکز بزرگترین اجتماع فرهنگی و سیاسی و عبادی  مسلمانان است.

محمد علی ابطحی در یادداشتی که روزنامه اعتماد ملی نیز آن را منتشر کرد با سوال از اینکه مسجد عبادی یا سیاسی مدعی شده است مساجد ما به این خاطر رونق چندنای ندارد که سیاسی هستند و به همین خاطر معنویت در انها کم است!! وی می نویسد: مساجد در ایران، کم‌جمعیت‌تر از مساجد بسیاری از کشورهای اسلا‌می است. شاید یکی از دلا‌یل آن هم عجین بودن دین و حکومت در اداره مساجد است. تلا‌ش برای رونق معنوی مساجد می‌تواند کمک بزرگی برای آرامش معنوی جامعه باشد.

وی برای اثبات سخن خود از وجود بسیج در مساجد و مرکز رسیدگی به امور مساجد اشاره کرده و به همین خاطر مساجد را حکمتی دانسته که باعث گریز جوانان از مسجد شده است!!  جدای از اینکه چه اندازه این ادعای ابطحی قابل اثبات است که مساجد ما کم رونق تر از کشورهای دیگر هستند این نکته قابل توجه است که چنانچه گذشت مساجد همیشه از صدر مرکز و پایگاه سیاسی و اجتماعی حکومتهای اسلامی بوده است. امام خمینی در این باره  می‏فرمای: «مسجد در اسلام ... همیشه مرکز جنبش و حرکتهای اسلامی بوده... از مسجد، تبلیغات اسلامی شروع می‌شده است، از مسجد حرکت قوای اسلامی برای سرکوبی کفار و وارد کردن آنها در (زیر) بیرق اسلام بوده است.»(صحیفه امام، ج.7، ص.65.) «در صدر اسلام از همین مسجدها جیش‌ها، ارتش‌ها راه می‌افتاده، مرکز تبلیغ احکام سیاسی ـ اسلامی بوده، هر وقت یک گرفتاری را طرح می‌کردند صدا می‌کردند: «الصلوه مع الجماعه» اجتماع می‌کردند، این گرفتاری را طرح می‌کردند، صحبت‌ها را می‌کردند، مسجد مرکز اجتماع سیاسی است. اجتماعات خود را هرچه بیشتر در مساجد و محافل و فضاهای باز عمومی برپا نمایید.»(همان، ج.10، ص.16 و 17.) از این رو این سخن ابطحی نشان از این دارد که در نظر وی معنویت را باید  در جدای اجتماع کسب کرد و مساجد را تبدیل به کلیسا نمود!! به نظر ابطحی مسجد از ابتدای تاسیس آن در اسلا‌م با صبغه معنویت و جایگاه ارتباط با خدا به وجود آمده و برای امکان خلوت کردن خلق و خالق تاسیس شده است در حالی که مساجد اشیعه هم جایگاه اعتکاف است هم اعتراض! مسجدی مسجد است که به قول حضرت امام دردی از جامعه دوا کند به فرمایش حضرت امام : «مساجد باید مجتمع بشود از جوانها، اگر ما بفهمیم که این اجتماعات چه فوائدی دارد و اگر بفهمیم که اجتماعاتی که اسلام برای ما دستور داده و فراهم کرده است، چه مسائل سیاسی را حل می‌کند، چه گرفتاری‌ها را حل می‌کند، این‌طور بی‌حال نبودیم که مساجدمان مرکز بشود برای چند پیرزن و پیرمرد.»(همان، ج. 13، ص.325.) چنانچه در کلام نورانی امام روشن است بر خلاف ادعای ابطحی، مسجدی پر رونق خواهد شد که علاوه بر عبادت فردی به درد اجتماع خود نیز توجه کند و این چنین مسجدی است که دشمنان را به هراس و ترس وا می دارد و  گرنه مسجدی که صبح تا شام تنها در ان ذکر و نماز باشد دشمنان اسلام را خوشحال هم میکند و حتی بدان کمک هم  می‏کنند. بروید توی مسجدتان و هرچه می‌خواهید دعا کنید، هرچه می‌خواهید قرآن بخوانید حکومتها هم به شما کار ندارند اما این اسلام نیست.»(همان، ج.3، ص.227.) چنانچه در ایران اکثر مساجد فعال و پرمخاطب مساجدی هسنتد بیجیان در آنها فعال تر هستند و بسیاری از مساجد وجود دارد که با فعالیتهای مختلف خود اعم از اموزش و فرهنگی و کمک به محرومین و ... یک محله را تحت الشعاع فعایتهای خود قرار می دهند.

البته ناگفته پیداست که سیاست مسجد با مسجد سیاسی که طرفداران هر گروه و جناح، این مکان مقدس را سیاسی و جناحی کرده و امام جماعت، نمازگزاران، سخنرانان و تمام برنامه‌های آن طبق سلیقه آن گروه اجرا می‌شود، فرق، می‌کند. چرا که با تعریفی که اسلام از مسجد عرضه می‌کند، مسجد نمی‌تواند پایگاه سیاسی «یک حزب» باشد، مسجد از یک سو به «خدا» و از سوی دیگر به «مردم» تعلق دارد. از این رو نمی‌تواند زیر سیطرة یک باند سیاسی قرار بگیرد و از آن به صورت مرکز فعالیتهای تشکیلات گروهی استفاده شود.

با این همه در حکومت اسلامی مسجد از ارکان اصلی حکومت است و این دعوی که حکومتی و یا سیاسی نمودن مساجد از رونق آن می کاهد با تعالیم اسلامی هم خوانی ندارد و اگر احتمالا نارسایی در مساجد دیده می شود علت آن را باید  در جایی دیگر جست.